Antes de la muerte los tejidos comestibles de un animal sano se pueden considerar estériles ya que se encuentran protegidos de la contaminación bacteriana por la piel externa, que funciona como una cubierta casi perfecta contra la agresión microbiana. Además, el tracto intestinal sirve como barrera efectiva que frena la inmensa masa de microorganismos que contiene.

Normalmente, cualquier microorganismo que penetrase estas barreras sería destruido rápidamente por las defensas naturales del organismo vivo. Tras la muerte, sin embargo, estos mecanismos quedan bloqueados o cesan su actividad y de esta forma los tejidos expuestos se convierten en tejidos altamente perecederos. Los tejidos animales quedan expuestos a gran número de microbios que atraviesan la piel o el tracto intestinal sin una barrera que les frene.

La superficie externa de la piel, o el cuero, está intensamente contaminada por una amplia variedad de microorganismos. Cuando el carnicero clava el cuchillo para realizar la separación de los cortes, aparecen las primeras vías de entrada para los contaminantes y los agentes patógenos. Además, es posible que alguno de los microorganismos del tracto intestinal encuentren su camino hacia la superficie del canal durante las operaciones de formado, mezclando su contenido con el de la carne (esta operación debe realizarse con sumo cuidado para evitar posibles contaminaciones en la carne). Es posible que ocurra, no obstante, alguna contaminación durante el corte del cuello, y es posible que algunos de estos microorganismos puedan llegar a los tejidos musculares por el torrente circulatorio inmediatamente antes de la muerte.

Todas estas operaciones deben ser realizadas por personal cualificado, con el objeto de mantener los niveles de calidad requeridos. La forma de sacrificar al animal afecta a la calidad final de la carne, se procura sacrificar ‘de una vez’ sin generar stress en el animal para que no exista en los tejidos el ácido láctico característico de los cortes rojos oscuros.